今は抗生物質の投与はしていないのですね？
抗生物質を止めてから、どれくらいたっていますか？
抗生物質のために、腸内細菌のバランスが違って来る事もありますので。
パスツレラを考えた場合、抗生物質の投与は必須ですが、同時に腸内細菌をダメにする事もありますので、そうした事も考えなくてはいけないようです。

記載されている物の中に一つ、我が家では好物だけれど与えないものがありました。それはニンジンの葉です。大好物なのですが、どうもこれを与えると軟便になるのですね。最初は大丈夫だったのですが、途中からダメになりました。今回のケースに当てはまるかどうかは、分かりませんが。
幸いペレットを変えても食べてくれるようですので、メーカーによって添加されているサプリメント部分が違いますので、色々なメーカーを試してみるのも良いかと思います。
いくつものメーカーがダメな場合は、チモシー原料でないものを与えてみる事も考えなくてはなりません。
また、野菜を１種類ずつ抜いて与えてみる、野菜をやめてみるなどして、糞の変化を見ても良いかと思います。また我が家は野菜食ですが、特に冬季は常温に戻してから与える事もあります。
他に、各種乳酸菌のサプリメントが出ているようですから、そういうものを与えてみる手もあります。人間用の市販品としてのビオフェルミンやガスピタンなども、害はありませんので、試してみても良いかもしれません。
いずれにしても、多少水分が多くても、丸くなっているうちは大丈夫だと思います。お尻が汚れるほどの下痢の場合だけ、脱水を起こさないよう十分気をつけてくださいね。

季節や年齢によって、腸内細菌のバランスが変わってくる事もある気がします。
アレルギーも視野に入れながら、しばらく何を食べたときに下痢をしたのか、記録をとってみると良いかもしれません。
経過をお知らせくださると、嬉しいです。