うさぎとかめ さまのケースとは多少異なると思いますが、我が家の経験を・・・。
うちには3匹のウサギがおりまして、オス・メス・オスの順でお迎えしました。ちょっと訳ありの子たちで、当時、それぞれ5ヵ月、6ヵ月、12ヵ月でした。（お誕生日は同じで、お迎えの時期にずれがあったということです）
最初のオスは足フェチのストーカーでしたが、その後メスをお迎えして去勢したところ、その後は一切、そのような行動はなくなりました。オシッコ飛ばしもなくなったのですが、半年後に3匹目のオスを迎えたところ、再びするようになりました。3匹目も去勢しましたが直らず、2匹で飛ばしっこするので、それはもう悪夢のようでした（笑）
おまけに3匹目のウサギは少し人間不信で噛み癖もありまして、牧草を詰めてやろうとケージに手を入れただけで、よく噛まれました。なるべく怖がらせないように声をかけながらお世話するようにしていましたら、2〜3ヵ月後くらいにはだいぶおさまりました。オシッコ合戦も自然になくなりました。飼い主とウサギがお互いに心が通じるようになって、ウサギ同士もお互いの存在を認め合えたのだと思います。

うさぎとかめ さまのウサギさんも少し臆病さんなのではと推察いたします。ウサギさんが安心できる環境を整えて、根気良く「怖くないよ、仲良くしようよ」ということを伝え続ければ、いつかは問題行動もなくなるのではないでしょうか。あくまでも、ウサギさんの気持ちになって接することが大切と思います。
私も飼い始めて2年半の初心者ですので、参考程度にしていただければ幸いです。
（飼い続けるのであれば、ずっとこのままでもいいという覚悟は、一応しておいた方がいいのかもしれませんね ^^;; ）