ウサギの涙は、元々白濁しているものですが（油分が多い）、炎症を起こしていると白く不透明になります。透明であっても、本来ウサギは涙があふれる事は無いはずです。
食べない原因は除去できて良かったのですが、噛み合わせがずれて涙腺を圧迫している事もあります。またおっしゃるとおりに、何かしら見えない部分の炎症や病気が隠れている可能性もあります。
なんとも不安定要素が多いので、再度受診なさって、お考えになっていることを一つ一つ聞いて（メモしていくと良いですよ）、獣医さんに検証して頂いてください。
怪しければ、もしくは症状が良くならないなら、念のためにレントゲンを撮った方が、獣医さんも飼い主さんも安心ですし、隠れた病気なら早期発見で済みますね。
歯のメンテ後のかみ合わせが悪いかどうかは、なかなか分かりにくいものですから、多少遠くてもウサギに詳しい獣医さんがいれば、見ていただいたほうが良いかもしれませんね。
噛みあわせって、かなり重要です。人間の例えですが、過日娘が奥歯を治療し終わったのですが、どうもかみ合わせが悪い様子。「少し詰め物が高いんじゃないかしら？先生に言って、少し削ってもらえば？」と言っていたのに、先生が「しばらくは違和感があるだろうけれど、大丈夫だから」と言ったとかで、そのまま様子を見ていました。
案の定2週間もしたら、食事もしにくいほど痛くなってしまって、結局かぶせたものを取り除いてやり直しになりました。我慢して噛んでいて、すっかり歯茎が炎症を起こしてしまったようです。初めは、ほんのわずかな違和感だったのですけれどね。
人間でもこんな状態です。違和感を訴えられないウサギさんの場合は、歯科処置をしても何となく本調子で食べない時は、再度診て頂いて調節していただく事が大事だと思っています。わずか1ｍｍも無いほどの調節で、とたんに元気に食べだした事もありますよ。
ましてや涙が続くようなら、目薬があったほうが治りが早いかもしれませんね。
お大事になさってくださいね。