これは困りましたね。
どうやらウサギさんは、ケージの外を自分の縄張りと思ってしまったようですね。
お外に良く出すウサギさんは、そういう事がよくあるようです。
ショップでは「しばらく出さずにケージが自分の場所だという事を覚えさせてください」というようなお返事を見たことがありますが、万が一排泄を我慢し続けても困りますね。
確かにケージに入れておいてトイレを使うようならば、しばらく出さないという手もあります。でもあまり我慢させて膀胱炎になっても困りますので、ほどほどにチャレンジしてください。
で、どうしてもだめな場合ですが。
ひとつにはケージの周囲をサークルで囲う手があります。つまりウサギさんの行動範囲を広げることになります。トイレはケージの中に置いたまま、様子をみます。

もっとも、我が家も同じ状態になり、サークルで行動範囲を広げ、そのうちケージ掃除が面倒になってケージを取り去りサークル飼い。２匹一緒でしたので、大きなケージでも狭かったのもありますが。そして今では、犬猫のように家中ご自由のウサギたちになってしまいました（＾＾；；
寝る時はサークル（２畳弱）の中に入れますが、これは寝ているところを襲われないように。ベッドで寝ていると、飛び乗られます（−−）

というわけで、対処方法をアドバイスできなくてゴメンナサイ。
どなたかよい解決策や、我が家はこうしたら直ったという方はいらっしゃらないかしら。