こんばんわ。
ウサギさんはどちらも使いたいのかな？（＾＾；；
正直言いまして、トイレはウサギさんが決めるものです。ですからもう一方の方に位置を変えてみるというのも一方法ですね。
「これがトイレ」と分かっている、でも「トイレしたい場所はあっちの方が落ち着く」となっているなら、位置を変えることで解決するかもしれません。
あるいは…日中トイレでくつろいでいることはありませんか？
時々「トイレをベッド代わりにしている」という飼い主さんのお話がありますが、それには何らかの理由があるものです。
原則として、ウサギさんは自分がくつろぐ場所は、あまり汚したくないものです。
他に体を伸ばせる場所がなくて、トイレが一番スペースがあってベッドにしている子。
ゲージの下の網がいやで、トイレの方が足に優しいからトイレにいる子。
単に周囲が良く見える、あるいは反対に目隠しになって安堵感があるので、トイレにいる子。（個々の性格により違いますね）等々。
こうした場合は、レイアウトを見直す、すのこを敷くことで解決することもあります。
また年齢的に言って、人間で言えば幼稚園くらいですから、トイレが完璧に出来ないこともあります。　行動が広がって、縄張り付けのためにしていることもあります。
いずれもほとんどの場合は1歳過ぎには落ち着くものですが、トイレがきちんと決まらないウサギさんというのもたまにありますね。

トイレに関しては、必ずウサギさんなりの意味があるので、行動を良く見て、それぞれのウサギさんの性格を考えて、試行錯誤が必要かと思いますよ。
まずは試しにトイレを移動させ、体を伸ばせるスペースを確保したらどうなるか、試してみてくださいね。