うさぎさんがいつもと違う動作を繰り返すと、とても気になりますね。
こういう場合は「病気かどうか？」と言うより「様子を見てもいいかどうか？」と置き換えます。で、様子を見てもいいかどうかは、やはり獣医さんに診ていただくことが一番です。
耳垢はないという事は、耳ダニはないだろうという事ですね。
でもカビなどは顕微鏡で見なくては分からないこともあります。
パスツレラやエンセ等のごくごく初期と言う事も、ないとは言えませんからね。

獣医学は削除法です。「これではない。あれでもない」と考えられる病気を削除していって、結果治療が必要か、しばらく経過観察で良いかを考えます。
耳を伏せているせいで耳の中が加湿になって、むずむずするのかもしれません。
でも今まで伏せていなかったのが、どうして片方だけ伏せているのかも気になりますね。頭を振るのは、耳がむずむずしたりうっとおしかったりという事だと思いますが。
診察して何ともなければ、もうしばらく様子を見て、他の症状（涙目になる。鼻を鳴らす。首筋をかくようになる。口をくちゃくちゃするようになる等）が出てこないか確かめます。
また換毛期なら、ブラッシングを続けるとか（抜け毛が耳に入ってむずむずする事も）、生活環境に気をつけることも必要です。
飼い主さんが変だと思ったら、何かしらあるのが普通ですから、やはり獣医さんで良く診ていただくのが、一番安心だと思いますよ。