お困りですね。
ショップにいた頃、どんな扱いをされていたのでしょうか。
ちょっと気になりますね。
その頃からこうした傾向があったなら、スタッフの方もお掃除などのお世話以外はかまってあげていなかったのかもしれませんね。
kanaさんの接し方はあっていると思うので、こうなるとこの子の性格＋男の子特有の性質のようにも思えます。
「ここは　ボクのだ！　入ってくるな！　ボクの方が強くて偉いんだからな！！」
というところでしょうか。
夜中の足ダンは、やはり人気がなくなって、それなりに不安なのだと思います。
また、お外の何かが気になっているのかもしれません。
それが近所の犬猫の気配なのか、遠くの工事の音なのか、車や電車の音なのかは分かりませんが、夜になると遠くの音も良く聞こえますので、人間には分からないような音や気配に敏感に反応しているのかもしれません。
また、もう一匹の男の子が見えるなら、男としての縄張りの主張かもしれません。
そうなると、お考えのように手術もありかと思います。

かわいそうでということですが、人に攻撃的になっている、足ダンが止まらないというのは、一種の興奮状態ですから、それが続いているのはかえってかわいそうだと思います。
いつもイライラした状態ですからね。
手術をしたからおとなしくなるとは限りません。
もともとの性格が気が強いなら、その傾向は残るでしょう。
でも、少なくとも発情や男の子特有の興奮状態は解消され、多少行動は変わってくると思います。
そして普段から、沢山ほめて、やさしく声かけをすることを頻繁にしてあげることも大事です。
こちらの落ち着いたやさしい気持ちは必ず伝わって、少しずつでも相手の気持ちをやわらげますからね。
ウサギさんは、とても賢い生き物です。
kanaさんが見放さず、根気良く接してあげれば、必ず気持ちが伝わると思いますよ。
手術も視野に入れて、気長くやさしくかわいがってあげてくださいね。