下痢が治らず、さらに下肢までおかしくなってしまっているとのこと、大変ですが
あきらめず看病してあげてください。

獣医さんに不信感をもたれる気持ちはよく分かりますが、下痢は命に関わる病気な
ので完治するまで投薬は続けられた方が良いと思います。
下肢の診察もしていただくには本人を連れて行くしかないのですが、下痢の治療を
まず優先させたいというのでしたら、次回はモモンガは連れて行かずに薬だけ処方
してもらってはどうでしょうか。
モモンガが弱っている状態で通院させるのは負担が大きいからです。

下肢が骨折しているかどうかは、レントゲンで判断できると思いますが、
モモンガはレントゲンでショック症状を起こして死亡してしまうこともあるそうで
すので安易にお勧めできません。
特に下痢で体調を崩しているうちは、避けた方がいいかもしれません。
レントゲンの危険性に関しては獣医さんから説明をうけてください。

低いゲージに変えたのは正解だと思います。
下肢がうまく動かない状態で止まり木に無理に登って落下して怪我をする可能性が
高いので。
全国には小動物の接骨ができる獣医さんもおられますので、多少の遠出も辞さない
とあれば、治療の道はあります。
まずは、下痢を治して元気になることが最優先ですが。
気を落とさすがんばってください。快方されることを祈っています。