まず、これはGoogle等の検索サイトなどでネットの知識を元にしたもので、
医療的な相談ではなく、私個人は獣医や動物に関わる者ではないので、
「こんな風に思われる」的な一意見としてお読み下さい。
そして、本気でご心配であればかかりつけの獣医さんにご相談下さい。

レプトスピラ症自体はモモンガを始め、
犬やイノシシでも感染例が有るようです。
従って、ヒトやフクロモモンガを含む哺乳類全般に
感染のリスクが有るように思います。
感染ルートはレプトスピラに感染した動物の尿に汚染された土壌、
水を直接的に経口あるいは皮膚から入り感染するとの事です。
治療はヒトとか犬とかならワクチンのようですが、抗生物質投与も方法の一つであり、
テトラサイクリン系の抗生物質（ドキシサイクリン）、
重症例に対してはペニシリン系の抗生物質を使うみたいですね。
ストレプトマイシン系を使う記述もあるようです。
ワクチンが有るかどうか解らないモモンガ類とかは、
実際はどうだか解りませんので獣医さんに聞いてみて下さい。
（破壊された菌からの毒素によるショックを起こすことがあるので注意）
ちなみに便中の奴はうちでは駆虫剤（サルファ剤だったかな？）を投与しました。

で、投薬の他には唾液、尿、血液などはなるべく素手で触れない事、
ケージの掃除はなるべく手袋を付けて行い、よく消毒する事、
ケージを洗浄した後もその場を良く消毒する事、
ケージ内を常に清潔に保つ事などが考えられますが、
あくまで素人の一意見なので詳しくはかかりつけの獣医さんにご相談下さい。
また、それ系のアドバイスをお好みでしたら
「意見交換掲示板」http://www.vets.ne.jp/bbs/c_0000.cgiにて
アドバイスが頂けると思いますよ。