お久しぶりです（＾＾）
まだ元気に琉球メダカさんがいるのですね。
縦に泳ぐメダカさん　体型はどうでしょう？　特に背骨の形状は異常ありませんか？
他の子と比べてまっすぐとか、どこかで曲がっているとか。あるいは、普通より異常に痩せている、腹部のふくらみがない等。
グッピーなど飼っていても、時折奇形は発生します。一度に１００以上生むのですから当たり前と言えば当たり前ですが。
そうした中には、はやり縦にふらふらと泳ぐ子もいましたね。ほとんどは育ちませんが、中にはひょろひょろとしながらもある程度まで大きくなるのもいましたが、やはり短命でした。餌の食べ方もうまくありませんので。
やはり背骨の異常と、それに伴う浮き袋の異常があるのではないかなぁなんて、素人考えて眺めていました。実際にレントゲンを撮ったり、解剖したりすると原因がはっきりしたのでしょうね。
異常な子の発生は、数的に自然発生の許容範囲のものもあるでしょうが、その他にメスが年老いてきて良質な子を出せない事もある気がします。
そうなると、そのメスの子は繰り返し問題の子が多いという事になります。またもちろん、ちんぐしさんがお考えの様にもともと遺伝的奇形の要素を持っているメスという事もあると思います。
この時期孵化しているという事ですから、加温もなされているでしょうから（沖縄では、自然界での冬季の孵化はあるのでしょうか？）、一概に温度が原因とも思えませんし、栄養状態というほど面倒な種類でもないような気がします。
やはりメスの高齢化か、近親交配で遺伝子異常が色濃くなって来たか？が疑わしいような気がしますよ。