＞水槽の水の中に産んでいる
＞卵って孵る卵と、孵らない卵があるんでしょうか?

卵が壊れていなくても長い時間水中にあれば卵は死んでしまいます。
クサガメはだいたい夕方から夜にかけて産む事が多いのでそれで
ではないでしょうか？

＞そして孵る卵だったら、一体どうやれば孵化出来るのでしょうか?

これは詳しく書いていると大変なので手短に。
床材は何でも良いと思いますが、園芸用のバーミキュライトなどが良いかも
しれません。
これに水を含ませ堅く絞ったものをタッパなどに敷き、そこに卵を軽く
埋めます。
本当は２５℃位で保温してやると２ヶ月ほどで孵化しますが、常温に置いて
おいた場合は翌年の春に孵化するでしょう。（但し乾燥と冬場の極端な低温
には注意してください。勿論過湿と高温も。）

ちなみにクサガメは６〜７月から３〜４週おきに２〜３回産卵します。
やはりこの時期には卵を産める陸場を工夫して作ってやると良かったですね。

＞2匹一緒に飼ってはいけないんでしょうか?

２匹を一緒に飼っていても通常はケンカして相手を殺してしまう事はないと
思うのですが・・・。オスはいつから同居させてのですか？
春と秋に発情期があるので、その時期はオスがメスを追いかける事があり
それを争いと思われているのではないのですか？
どのような状況だか全く説明がないので何とも言えません。
申し訳ありません。