自分が臨床に携わっていた頃に、「新鮮な便」と言っていたのは、当日の便です｡
それが難しいのもわかるので、来院直前（何日か前のものになるのでしょうけれど）にした便を少量の水で浸したティッシュにくるんでジップロックとかに入れて持ってこさせることもありました。
でもやはり、当日の便或いは診察中にした便（結構するんですよ）は圧倒的に原虫（寄生虫の一種）の検出率はいいです｡
ただ、リクガメの場合、原虫の検出は原虫が消化にも携わっている場合もあるので原虫もいるかもしれないので駆虫はあまり一般的ではないです｡（明らかにそれが障害を起こしていそうな時は別ですが）
一般的に行う便検査は寄生虫の検査であることがほとんどで、サルモネラなど細菌まで行った例はあまりありません｡培養検査に出す場合もありますが、これは飼い主さんが強く希望された場合など、或いは腸炎などの症状があるのに、寄生虫などが由来のものでない時などに行ったりしました。この場合、検査結果を待たず、試験的に抗生剤の注射等を行っていましたが…｡細菌検査を行うにしても、最新の便がいいでしょうね｡時には総排泄口からぐりぐりと便を取ってみたり…。ということもありました。
毎日便をしてくれるといいんですけどね！