調べました事を書いておきます。
一応商売とか（乗馬学校やホースクラブのようなもの）ではなくペットとして飼う場合について調べました。
恐らくこの内容は既にご存知の事ばかりかもしれません。
こちらは東京なので、地域的にも臭いや公害など細かい規定はそれぞれ違うと思いますが、
（最終改正までの未施行法令）
平成十八年六月七日法律第五十三号 （未施行） と言う事で出ておりました。

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　法第9条第4項では、都道府県知事の定める種類・頭数により許可が必要になります。東京都の化製場等の構造設備の基準等に関する条例第9条では、牛1頭・馬1等・犬10頭など飼養又は収容の許可が必要な動物の種類及び数を定めております。したがって、豊島区化製場等に関する法律等の施行に関する規則第10条の規定により、馬・牛等を飼う場合には、保健所へ届け出を必要とします。

　参考となる法・条例
　　◎化製場等に関する法律
　　　　環境省ホームページ　→　法令・告示・通達　→　カ行　→　化製場等に関する法律（第９条第4項ほか）
◎化製場等の構造設備の基準等に関する条例
　　東京都ホームページ　→　条例・規則集　→　第6編衛生　→　第10章動物の愛　　　　　護及び管理・獣医衛生　→　第4節化製場等の構造設備の基準等に関する条例（第９条ほか）

　また、実際に畜舎を設置する場所等については、上記東京都条例第10条に定める様々な制限がありますのでご確認願います。
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この法律は、平成十九年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
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