何を持って「虐待」とするかが問題なのだと思います。

こころさんの投稿では、具体的な行為が記載されていません。きこさんの投稿では、ウサギの耳が傷ついているのは、おそらくウサギ同士の闘争が原因でしょう。管理している施設の職員がやったことではないのではないでしょうか。

動物はすべて飼育している者の所有物扱いとなりますから、よほどはっきりとした具体的な行為をもって言わないとなりません。
極論をもって言えば、飼い主が犬にあきてしまったから保健所の管理センターへ処分しれくれと連れて行っても、これは「虐待」ではありません。「死に直結する行為」であっても「虐待」には相当しません。
動けなくなった犬を川の中へ放り込んだのであれば、「虐待」に相当するでしょうし、生まれたばかりの子猫達を袋に詰め込んで鉄道の線路に捨ててくるのも「虐待」と呼んでもよいのかもしれません。
けれども、管理が行き届いていないとか、餌を充分に与えていないようだでは、「虐待」に相当するか否かはわかりません。公的機関はひじょうに動きにくいです。
生命の維持に必用な量を給餌されていない、あるいは毎日棒で殴られているとかの第三者に明瞭に理解できる事柄を伝える必要があると思います。
飼育情況が目撃された方から不十分と考えられることであっても、それだけではむずかしいように考えます。例えば、学校飼育ウサギや鶏であれば、土曜日・日曜日は、餌の給餌はないのが普通です。週に２日間餌が給餌されないのは、ウサギや鶏の飼育者から見れば、「虐待」となんら変わりはありません。しかし、そのような飼育管理が日常的になっていても、「死んだら又貰ってくればよい」と考えられていたとしても、世間一般からは「虐待」とは捉えられていないでしょうし、そうなれば、当然保健所も口出しできませんし、学校も「余計な口出し無用」となるでしょうね。

動物を好きという者と、別に興味もないという者との間にある感覚的なズレというのは、想像以上に大きいものがあるように感じます。
担当の部署であっても別段大きな力をもっているわけではありませんし、あいまいな話で火種から火事にしてしまいたくもないでしょう。担当の部署には、まず相談することですが、彼らが動きやすいように情報を整理したり、証拠を集めておくことも大切です。
そして、そこまでやったとしても、腹をたてた飼い主が、その動物に腹いせをしたり、動物の処分に走るということも、また残念ながらありえることなのです。
力や権力で解決を謀ることができるかというと、いつも望ましい結果に終わるとも限らないことは承知しておかないとならないようです。