前回の私のレス、妊娠診断について時系列に書きましたが、交配に熟知されている方に対して大変失礼いたしました。

> 私が知りたいのは、交配30日にX線撮影をされ抗生剤を処方された事が、色素に影響がある確率です。
> 全く100％関係ない！とするならば　他に理由がないのです。

この「他に理由がないのです」ですが、前に「先祖代々色素が薄い血統はおりません」と書かれていましたが、それは外観上でしょうか。
遺伝子レベルではどうでしょうか。
赤柴×赤柴から白柴が生まれる率が高いことからわかるように、薄淡化因子や白斑因子をもっている柴犬はかなり多いと思います。
そのため、白柴の誕生を避ける繁殖家は黒や胡麻の血をときどき入れて白化を防いでいますよね。
チョッパーさんもそうしていると思いますが、繁殖の何代前にこれをやったか、それも今回の退色原因を考えるひとつになるんじゃないでしょうか。
でも、黒や胡麻を入れても完全な赤が出るとはかぎらない、出てしまうときは出てしまうのが遺伝子のイタズラですね。
ここが同一犬種繁殖のむずかしいところなんだと思います。
鼻・目のふち・唇・爪・肛門などの色素を決定するBやEの遺伝子を先祖代々さかのぼって調べることは不可能だと思いますし、そこまでやって交配している人はおそらくいないでしょう。だから黒や胡麻を入れて対策しているのが一般的なんでしょう。
抗生剤に関しては治験データ上はほぼ100％関係ないといえると思いますし、X線の影響は主治医の先生がおっしゃったように交配30日だと脳の形成に関係するので色素への関連性は否定していいでしょう。
私は獣医師でも研究員でも繁殖家でもない一飼い主ですが、「生まれて1ヶ月が経過しても黒くならずピンクの割合が多いです」を呼んで真っ先に退化現象を思い浮かべました。
繁殖家のお知り合いに意見は聞いてみましたか?　退化現象とおっしゃった方はいないでしょうか。それは違うということならば、ここに書いたことは素人の考えとして読み捨ててください。　
追・子宮全摘を言われたのは白皮症を疑ってのことだと思います。繁殖には適さないという判断で。白皮症を疑うのは早計だと私は思いますが。