>超音波加湿器自体が悪影響がありますでしょうか
動物種によって内臓の構成もそれぞれ違いがあります、特に鳥は肺の構造が、鳥の飛行するという目的などによってかなり（人間やほかの動物種と）違いがあります。
鳥でも治療にネブライザーを使用する事もある今の時代ですが、病院と違って色々な環境によっては機械の消毒や洗浄も確実に出来ていると言えない事も有るかと思います。
また、鳥にとって、どのアロマが安全かと言う研究がどの程度まで確立されているかちょっと判りかねます。使う目的にもよりますしね。人間の目的と鳥が使う目的も違うでしょうしね。
研究をしている先生もいらっしゃいますが、それは検索などでいろいろ調べて探して、お聞きになる事も出来るかと思います。
超音波でも機種や時代によっては色々工夫、改造があるようですが、おおよそ超音波による粒子は蒸気による粒子より小さいと言う事から、人間等では肺胞まで到達するようになっているので、構造が違う鳥の肺への影響を考える事も必要なのかなと思います。
アロマのどれを使用するかと言う事は、寝室でアロマを使う目的が何か、によって決まるわけですから、それが鳥に良いかどうかを調べる事になると思います。