久門さんこんにちは。
フィラリアの予防薬は現在３種類の有効成分で、剤形が錠剤、顆粒、チュアブル（牛肉ベース）の形が使用されています。
おそらくお母さん犬はチュアブルで、子犬さんは顆粒を使われているのでしょう。
どの薬も予防効果についてはきちんと体重に合わせている限り問題ありません。
予防薬は体に入ってきたフィラリアの感染子虫を感染後約１から1.5カ月ほどの期間のものを殺すことで予防していきます。
つまり一度体に虫は入るがそれをまとめて殺していくものです。ですから親犬のそばにいる子犬に関してはそれほど神経質にならなくても離乳後からの予防で十分感染防御が出来ます。
ちなみにチュアブルでも顆粒でも犬回虫と犬鉤虫は駆虫されます。

　またフィラリアの検査は血液中に成虫のだす蛋白質（抗原）があるか？と、フィラリアの子虫（ミクロフィラリア）がいるかを検査するものですが、どちらにしても感染後血液にでるまで約半年ほどの時間が必要なので、出生後間もない子犬さんでは検査を行う必要がありません（陽性のはずがないので）。

母子免疫については無いと考えておいてください。（ワクチンのうわさがあるので、将来変わる可能性はありますが、、）