ただの飼い主です。私は手作りしています。
「ドッグフードか？手作りか？」という問いは、全く意味がないと思います。
粗悪なドッグフードと、完璧に計算された手作りなら手作りの方がいいでしょうし、
程々の品質のドッグフードと、「ささみとキャベツだけ」なんていう手作りなら、
栄養バランスからいってドッグフードの方がはるかにいいでしょう。

ドッグフードも「総合栄養食」の表示があるものでさえ、様々な種類がありますよね。
原料や成分を確認しながら選べば、りんごさんのワンちゃんにとってよりよい
ものが見つかる可能性もあると思います。
（今のドッグフードが本当に合わないのかどうかは私には分かりません。
「健康でない」原因がフードのせいなのか、他にあるのか、まずは獣医さんと
相談が必要でしょう）

　一方、手作りは手作りで良いところ、大変なところがあります。良いところは
飼い主が「自分が食べてもこの素材なら安心」と思えるものを選べること、旬の食材
を利用できることなどですね。
　大変なことは、「この配合でいいはず」というのを誰も保証してはくれないことと、
手作りに理解のある獣医さんが少ないことです。獣医さんの立場としては、
何か食材起因のトラブルが起こっても特定がしにくかったり、「ささみだけあげよう」
なんていう飼い主が少なくないでしょうから、即座に「どうぞ」とは言いにくいと
思いますが。
（獣医さんの理解が得られなかった場合、病気のときの治療方針で揉めることに
なると思います。手作りにするなら、その点をよく考えましょう）

　最後に、よく「手作りは大変な手間がかかる」とおっしゃる方がいますが、
作る手間は、慣れてしまえばさほどでもありません。ただ、「こういう分量で作ろう」
というのがある程度固まるまでは、色々勉強したり、愛犬のウンチや皮毛の状態を
観察したりという努力が必要で、その部分が手間といえば手間です。
定期的な健康チェック（犬ドック？）もした方がいいでしょうし。

ということで、「どっちがいいか」は私は一概には言えないと思います。
この掲示板では「ドッグフードが一番」という意見が大勢を占めると思いますが。