まず、お産や分娩という事が常に何の問題もなく行われるものだという考えをもたないようにしましょう。
何事もないのが望ましいですし、数からいっても、その方が圧倒的に多いのですが、分娩にはつねに危険がつきまといますし、正常だったお産が途中から異常な事態に変わってしまうこともありえることなのですから。

今回のお話では、母猫にお腹の中で子猫を育てる力が足りなかったのかもしれません。上で述べましたように　いつも必ず正常な分娩とは限りませんし、お腹の中の子が生きていくのに足る力をもって生まれてくるとも限りません。
生存能力が低い新生児が生まれてくるというのにも　母猫の方に問題があって、胎児を育てるだけの力がなかった場合もありますし、感染症に罹患してしまって、かろうじて生まれてきたにすぎないというケースもあります。
牛や豚のように子供を産む事によって成立する畜産分野においては、死産・流産に関わるウイルスもかなり知られていますが、犬猫となると、そのようなことがあっても共通の認識となることは稀であって、単発のこととして受け取られがちです。
また、母猫から初乳を介して免疫抗体を受け取ることができていなければ、出生直後の新生児は免疫的にも感染症から守られているとは言いがたく、それだけハンディキャップを負っていることになります。

何が原因でと言っても、お産に数遭遇するようになれば、このようなケースもあるであろうし、検査するというのであれば、新生児だけでなく母猫の方こそ対象ではないかと思います。