＞しこりは縫合糸肉芽腫（縫合糸反応性肉芽腫）でした。

これは、３年前の避妊手術時の糸に対して肉芽腫が形成されたという意味なのでしょうか？　それとも別に縫合部はあるのでしょうか？

＞避妊手術時と昨年も溶けない糸を使用しており。3年前の糸もまだ体内に残ってます。又昨年の溶けない糸がごつごつをお腹を触るとわかります。

肉芽腫を切除したのであれば、避妊手術時の糸は残っていないということになりますが、この点がどのようなことなのか把握できません。

＞すごーく反応する子は最悪どうなりますか？内臓とか駄目になりますか

肉芽腫そのものは免疫反応ですから、一般的には非吸収性の縫合糸の使用は問題とはなりません。その個体の免疫反応が強く現れてということが理由であれば、縫合糸を被包してしまえば、落ち着くのではないでしょうか。
個体の問題ではなくて、縫合糸に汚染が生じていたのであれば、これを包み込んで他に炎症を波及させないようにという防御反応ということになります。こちらであれば、抗生物質を服用して膿瘍化しないように漏管形成がないようにということが必要です。

時間の経過からみると、とくに汚染や化膿があったようにも受け取ることができませんが、それこそ主治医の先生がその事象をどのような受け取られているかということにつきると思います。
内臓が駄目になるということは、考えなくてもよいと思います。