これは、他の先生に実際に診ていただいての判断が必要でしょう。

まず、気管チューブの大きさというのもいろいろありますが、猫でも手術する以上は、ボストンテリアに使用できるサイズがないということはないはずです。

問題は月齢ですよね、４ヶ月齢の今の時点で手術を実施しなくてはならないほど、急がれる理由（　これはそれだけ重篤であって、今実施しなくては成長もおぼつかないということになるのでしょうか？　）が妥当であるか否かという点です。
もう、１点が今後の成長を待っても気管支が既存のチューブを摘要できそうにないという判断になるのかという点です。
これらの点を踏まえた上で、手術が可能かどうかを判断することになりますので、診察の無いネットでの相談はまったく意味をなしません。何軒か動物病院を歩いていただいた方がよろしいでしょう。

なお、どうしても既存の気管チューブが摘要できないということであれば、気管チューブの代替品を使用することになると思います。ウサギ・モルモット・フェレット等の手術をなさる先生であれば、このような問題には当然直面されていますし、爬虫類の診療をなさる先生も然りです。ノウハウはお持ちでしょう。
また、フィラリアの吊り出し手術では、ガス麻酔に頼らずに、麻酔薬の微量点滴による手術も選択されます。

個人的には、気管チューブがあるとかないとかよりも、当該犬が手術できるだけの状態にあるのかの方が気にかかります。そちらの方がよほど重要ではないでしょうか。