薬用シャンプーの商品名をお書きになっていますが、少し誤解があるようです。

犬や猫の皮膚における防御機能は、角化層と皮脂によって形づくられています。
皮膚や皮毛には細菌が常在していますが、この機能とバランスをとって存在し
ているわけです。
薬用シャンプーが細菌を減少させるとしても、０にできるわけではありません
し、細菌がいなくなって防御機能が衰えるというものでもありません。

防御機能の低下というのは、角化層の過度の剥離と皮脂の欠如による乾燥化が
招くものです。
したがって、名称をお書きになっているシャンプーにおいても　この点は考慮
されており、保湿剤が配合されています。御指摘の点については心配いらない
はずです。単純に相談された病院の先生の好みの問題ではないでしょうか。

ただし、過度の使用はどのような薬用シャンプーであろと皮膚の防御機能の低
下を招きます。この場合は、シャンプーの責任ではなく、使い方を知らない者
の責任といえます。使用頻度については病院から指事があると思います。

念のために申し添えますが、私は件のシャンプーのメーカーとは無関係な立場
です。ハワイに招待されたこともなければ、接待を受けたこともありません。