予防接種の翌日から発作を起こすようになったそうですが
ワクチンのせいでてんかんになったのでは？
と言うお考えですね？

てんかんの発作は、興奮から起こることがよくあります。
ワクチンの成分や､獣医師の腕が悪かったせいで
病気になった可能性は、獣医師の説明どおり
あまり考え難いと思いますが
お家に来てからは初めての接種と言う事なので、
緊張と興奮が作用した可能性は捨てられませんね。

実際、ショップにいるときには平気で接種を受けていたのに
買われてペットとして2度目3度目を受けに来ると
鳴き叫ぶ、大袈裟になる等という子は多々います。

感情が豊かになる、甘える特定の対象(飼い主)ができる、
日常と非日常の区別ができる、成長から感覚が敏感になる…
など様々理由は考えられますが。

残念ながらヨーキーは先天的にてんかんを持っている個体が
多い方の犬種に当ると思います。

良識のあるショップではありえませんが
ショップにいる時から発作があり、わかっていたのか
人生初の発作がたまたま接種の翌日にでたのか
定かではありませんが、月齢から考えると
やはり先天的なものを疑う獣医が圧倒的に多いでしょう。

獣医師が納得のいく説明をしてくれないと感じるなら
ママさんの考えがおかしいのではなく、
堂々と他の獣医へ行かれるべきです。
できれば1箇所でなく、2箇所以上回られるとより良いと思います。
(1箇所に不審を感じてほかを訪ねると
無条件にそこを味方と感じてしまうかもしれないからです)

どの程度の頻度でどの程度の発作が出るかにもよりますが、
まずは予後をしっかり観察してあげて下さい。
また、ショップでの保証制度はどうなっていましたか？
2回接種が終わってから飼い始めて
3回目を受けたと言う事であれば、せいぜい
飼い始めて1ヶ月前後だと思いますので
購入先にも連絡をし、保証内容を確認される方が良いのではと思います。